Karlheinz Pracher arbeitet seit 1995 in der Sozialpsychiatrie als Therapeut und Leiter ambulanter Organisationseinheiten. Nach Überführung der Beratungsstelle für Sozialpsychiatrie von den Trägergemeinden an den Kanton leitete er diese. 2006 wurde er anlässlich der Neuausrichtung in der Psychiatrieversorgung (ambulant vor stationär) zum Leiter des Psychiatrie-Zentrums Rheintal gewählt. In den Jahren 2013 und 2021 wurden ihm zusätzlich die Leitung der Psychiatrie-Zentren Linthgebiet und Werdenberg-Sarganserland übertragen. Seit Januar 2023 ist er als Direktor Zentren Süd sowie Mitglied der Geschäftsleitung der Psychiatrie St.Gallen tätig und seit 1. März 2023 zusätzlich als stellvertretender CEO.